Охранная деятельность- основа научной и просветительной работы музея. На территории «Костенковско-Борщевского историко-культурного археологического комплекса» расположены 26 стоянок эпохи верхнего палеолита. В состав музея-заповедника входят 7 верхнепалеолитических памятников общей площадью 26105 кв.м. Для всех памятников археологии утверждены охранные зоны – участки земли с особыми режимами землепользования и ведения хозяйственной деятельности. Это имеет особую важность, поскольку памятники археологии находятся на территории современных сел Костенки и Борщево и в окружении усадеб местных жителей.
Фонды музея насчитывают более 50 тысячи единиц хранения и представляют собой коллекции каменных и костяных орудий, произведений искусства, собранных с разнокультурных и разновременных памятников Костенок. Самой большой ценностью археологического наследия Костенок является сохраненный на месте нахождения верхний слой стоянки Костенки 11, представленный жилищем из костей мамонта. Это один из первых удачных и самых ярких примеров музеефикации археологического объекта в нашей стране.